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由于自噬随著年龄的增长而下降，是骨关节炎的主要危险因素，因此自噬在该疾病发展中的作用得到重视。在人类和小鼠的关节软骨中，参与自噬的蛋白质都随著年龄的增长而减少。经培养的软骨外植体，其机械损伤也会减少自噬蛋白。自噬在正常的软骨中会不断被激活，但会随著年龄的增长而受到损害，并且先于软骨细胞死亡和出现结构受到破坏的现象。因此，自噬参与了关节的正常保护过程。
炎症性肠病（inflammatory bowel disease）是由易感基因、环境和免疫系统之间一系列的相互作用所导致的慢性且易复发的消化系统疾病，包括溃疡性结肠炎和克隆氏症等。功能失调的自噬被认为是炎症性肠病的发病因素。临床上广泛使用的炎症性肠病治疗剂与自噬均密切相关，均能诱导细胞自噬的发生，包括类固醇、5-氨基水杨酸及硫锉嘌呤等。尼古丁目前已被用作溃疡性结肠炎患者的治疗剂，咀嚼尼古丁口香糖可以有效控制轻度及中度结肠炎的病症。经尼古丁处理后，细胞内双层自噬泡及自噬小体的数量明显增高。尼古丁诱导自噬的分子机制可能与内质网应激相关，或者可能与mTOR信号通路相关。目前已有不少研究证实尼古丁与内质网应激存在密切关系，因为他们发现尼古丁上调GRP78/BIP的表达水平，并且直接诱导内质网应激，上调内质网应激标志物PERK、EIF2A等的表达或磷酸化修饰。对低浓度尼古丁的研究有助于开发调节自噬治疗溃疡性结肠炎的新治疗靶点。
自噬能促进感染细胞对病原体和毒素的清除，抵抗细菌的入侵。然而，Porphyromonas gingivalis等牙周细菌则可逃避自噬分子的识别，干扰自噬体形成，阻止自噬体和溶酶体融合，甚至可以在自噬体中生存和增殖，利用其中的蛋白质等物质为自身生存提供能量。目前的研究虽提示自噬与牙周炎相关，但没有充分的证据证实自噬在牙周炎中的作用是保护作用还是病理作用。因为有研究发现牙周炎患者相较于健康人群的外周血单核细胞中，自噬基因表达量更高，而自噬作用被抑制后，出现了细胞存活率降低及凋亡细胞比例增加的情况，表明自噬在牙周炎中的保护作用。然而，有研究得出相反的结果，表明自噬在牙周炎中的病理作用。
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* 此说对于「行为之能力」的认知：后继之学者，依此说（法人拟制说）探讨法人之「行为之能力（Handlungsfähigkeit）」，认为：法人之权利能力，既依「拟制」而来，本身并无思考及行为之可能，故无「行为之能力」。换言之，法人之意思，实际上系由法人之「代理人」，即董事之意思而来，法人之行为亦同此理；法人之「意思」以及「行为」，是将法人之代理人的意思与行为，视为是法人本身之意思与行为而来。代理人之功能，在于建立法人之「行为之能力」。
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