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1869年（明治2年）1月25日岩仓具视向天皇进言建议迁都。3月7日天皇第二次行幸东京，3月28日到达。这次太政官也一同来到东京，京都则设置留守官，并将皇室与中央政府自京都迁移至江户，再将东京城更名为皇城（皇城／こうじょう kōjō ?），之后的历代天皇皆以原江户城做为皇居。
1871年（明治4年）3月发表在东京举行大尝祭的决定，8月23日完成首都机能移転。同年11月17日在东京首次举行大尝祭。从此京都只是日本名义上的首都，江户变成东京再次成为政治中心。1871年12月28日进行大尝祭。
1873年（明治6年）5月，东京皇宫着火。明治天皇暂时搬到赤坂离宫居住。1875年（明治8年）4月14日，日本颁布《渐次立宪政体树立之诏》。1881年（明治14年）10月12日，颁布《国会开设之勅谕》。明治22年（1889年），日本颁布《大日本帝国宪法》，成为帝国元首，并是日军名义上的最高指挥官。1877年（明治10年）2月，天皇指示保留京都御所维持原样。
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* 尉迟敬德（642年—643年，都督）
* 韩潭（787年—798年，之后带夏绥节度使职）
* 田在宾（857年年—859年或862年）
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