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核细胞穿梭蛋白Exportin-5涉及前miRNA发夹从细胞核输出的过程。这种蛋白质是karyopherin家族的一个成员，它会识别前miRNA发夹的3'末端，由RNase III酶与Drosha遗留的两个核苷酸的突出端。 Exportin-5-mediated介导运输到细胞质是能量依赖的(主动运输)，其使用GTP来绑定Ran蛋白。
在细胞质中，前miRNA发夹会被由RNaseIII酶Dicer所切割 ，该内切核糖核酸酶与miRNA发夹的5'和3'端相互作用并切除连接3'和5'臂的环 ，产生长度为22个核苷酸的不完全的miRNA：miRNA*双链体 。整个发夹长度和环尺寸都会影响Dicer的加工效率。由于RNA的不完全配对性质，miRNA：miRNA*双链体的配对程度也会影响切割 。
此外，一些富含G的pre-miRNA可以潜在地利用G-四联体，来替代典型的茎-环结构。 例如，人的pre-miRNA 92B就使用G-四联体，来抵抗Dicer在细胞质中的介导切割。 虽然双链体的任一链，皆可作为潜在作用的功能miRNA，但通常只有一条链会掺入RNA诱导沉默复合体（RISC）中，在其中该miRNA会与其目标mRNA相互作用。
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